搬入された家畜の体表の糞便付着状況をチェックし、結果を生産者団体にお知らせしています。衛生的に食肉処理するために、まず、搬入された家畜が清潔であることが重要です。生産者の方々に、食肉衛生への第一歩であることを知ってもらい、衛生意識の高揚をはかっています。
牛、豚、鶏などの食用となる家畜は病気の予防や治療のために、飼育途中で飼料添加物や動物用医薬品を使うことがあります。これらに含まれる抗菌性物質（抗生物質・合成抗菌剤）が動物の体内に残っていると、食肉となったときに人の健康に悪影響を及ぼす可能性があります。厚生労働省は、人の健康に影響しないレベルの残留基準値を設定しており、この基準値以下のものだけを食用とすることができます。当所では、
食肉への残留のモニタリングのための定期検査や、残留が疑われる場合の検査を実施しています。
食肉の安全性確保の一環として、と畜検査結果を生産者・関連機関の皆様にお知らせし、生産段階での病気の予防、衛生確保等に役立てていただく事業です。
生産者ごとの、月別出荷家畜においての、病変による廃棄率などをお送りしています。
と畜検査フィードバック事業について（詳細はこちら）
食品衛生月間（８月）に合わせて枝肉などの拭き取り検査を行い、食肉取扱業者には食肉の清潔な取扱を呼びかけるちらしを配布しています。さらに立て看板、垂れ幕によって衛生意識の向上をはかっています。
食肉を生産していると畜場管理者は食品取扱施設でもあります。食品衛生法が適用される事項については、検査所の職員が食品衛生監視員としてこれらの業務を行っています。