薬剤耐性菌に対する国際的な危機感の高まりを受け、国の薬剤耐性対策アクションプランにおける水産分野の取組として、平成29年4月3日付けで農林水産省消費・安全局長通知が発出され、水産用医薬品の使用に関する記録及び水産用抗菌剤の取扱いが変わりました。
（１）水産用医薬品（食用に供するために養殖されている水産動物に使用する動物用医薬品）の使用記録の徹底
（２）水産用抗菌剤（水産用医薬品のうち抗菌性物質製剤）の購入の際に専門家の指導を必要とする仕組みを新たに導入（平成３０年1月1日から運用開始）
（１）栽培漁業センターに対し、「水産用抗菌剤使用指導書交付申請書（様式第2号）」により指導書の交付を申請（使用記録票の写しを添付）。
（２）栽培漁業センターより「水産用抗菌剤使用指導書（様式第3号）」を受け取る。
（３）指導書の写しを動物用医薬品販売業者に提出し、水産用抗菌剤を購入する。
※予期しない疾病の発生等の緊急時には、「水産用抗菌剤使用指導書に関する理由書（様式第4号）」を提出すれば、（１）～（３）の手続きを省略し、水産用抗菌剤を購入することもできます。