本県西端に延びる弓ヶ浜半島と島根半島に囲まれた境水道（斐伊川水系）は、古くから天然の良港として利用されていました。
文久元年（1861年）には御手船役所が設けられ、瀬戸内海、九州方面、但馬、北陸方面との木造和船による交易が行われました。文久５年（1865年）に松江蒸気船が投錨を開始し、明治に入って新政府による測量調査が繰り返されました。
明治23年（1890年）には県支弁港として、さらに、明治37年(1907年)には開港指定を受け、対外交易が進められました。
漁業については、古くは美保湾を漁場に一本釣、刺網、地曵網、手操網等が営まれていました。大正年間になって福岡県の巾着網漁船が当港を根拠地として好漁獲を見て以来、第二次大戦後にかけて、集魚灯、魚群探知機等が装備され、アジ、サバ、イワシを対象とした巾着網によって水揚量が飛躍的に増大しました。
この頃から漁港としての整備の必要性がさけばれ、昭和28年(1953年)には農林省第３種漁港の指定を受け、昭和30年から始まった国の第２次漁港整備計画以降、近代的漁港への整備が進められ、昭和48年には農林省特定第３種漁港へ昇格しました。