Chlamydia trachomatis による性感染症である。
男性では、尿道から感染して急性尿道炎を起こすが、症状は淋菌感染症よりも軽い。さらに、前立腺炎、精巣上体炎を起こすこともある。
女性では、まず子宮頚管炎を起こし、その後、感染が子宮内膜、卵管へと波及し、子宮内膜炎、卵管炎、骨盤内炎症性疾患、肝周囲炎を起こす（しかし男女とも、症状が軽く自覚のないことも多い）。また、子宮外妊娠、不妊、流早産の誘因ともなる。
妊婦が感染している場合には、主として産道感染により、新生児に封入体結膜炎を生じさせることがある。また、１～２か月の潜伏期を経て、新生児、乳児の肺炎を引き起こすことがある。
淋菌との混合感染も多く、淋菌感染症の治癒後も尿道炎が続く場合には、クラミジア感染症が疑われる。
ア 患者（確定例）
指定届出機関の管理者は、当該指定届出機関の医師が、（２）の臨床的特徴を有する者を診察した結果、症状や所見から性器クラミジア感染症が疑われ、かつ、（４）の表の左欄に掲げる検査方法により、性器クラミジア感染症患者と診断した場合には、法第１４条第２項の規定による届出を月単位で、翌月の初日に届け出なければならない。この場合において、検査材料は、同欄に掲げる検査方法の区分ごとに、それぞれ同表の右欄に定めるもののいずれかを用いること。スクリーニングによる病原体・抗原・遺伝子に関する検査陽性例は報告対象に含まれるが、抗体陽性のみの場合は除外する。
イ 感染症死亡者の死体
指定届出機関の管理者は、当該指定届出機関の医師が、（２）の臨床的特徴を有する死体を検案した結果、症状や所見から、性器クラミジア感染症が疑われ、かつ、（４）の表の左欄に掲げる検査方法により、性器クラミジア感染症により死亡したと判断した場合には、法第１４条第２項の規定による届出を月単位で、翌月の初日に届け出なければならない。この場合において、検査材料は、同欄に掲げる検査方法の区分ごとに、それぞれ同表の右欄に定めるもののいずれかを用いること。