ウイルスなど種々の病原体の感染による脳実質の感染症である。炎症所見が明らかではないが、同様の症状を呈する脳症もここには含まれる。
多くは何らかの先行感染を伴い、高熱に続き、意識障害や痙攣が突然出現し、持続する。髄液細胞数が増加しているものを急性脳炎、正常であるものを急性脳症と診断することが多いが、その臨床症状に差はない。
ア 患者（確定例）
医師は、（２）の臨床的特徴を有する者を診察した結果、症状や所見から急性脳炎が疑われ、かつ、（４）の届出のために必要な臨床症状を呈しているため、急性脳炎患者と診断した場合には、法第１２条第１項の規定による届出を７日以内に行わなければならない。
イ 感染症死亡者の死体
医師は、（２）の臨床的特徴を有する死体を検案した結果、症状や所見から、急性脳炎が疑われ、かつ、（４）の届出のために必要な臨床症状を呈しているため、急性脳炎により死亡したと判断した場合には、法第１２条第１項の規定による届出を７日以内に行わなければならない。
意識障害を伴って死亡した者、又は意識障害を伴って２４時間以上入院した者のうち、以下のうち、少なくとも１つの症状を呈した場合である。熱性痙攣、代謝疾患、脳血管障害、脳腫瘍、外傷など、明らかに感染性とは異なるものは除外する。
| ア ３８℃以上の高熱 |
| イ 何らかの中枢神経症状 |
| ウ 先行感染症状 |